Архив рабочий, но моим программатором зашивается не правильно, можете подсказать чем он был считан? сбрасывает ли прошивка на заводские настройки?

Считывалось PicKit3. У данном программаторе все настройки определяются автоматом, у Вас возможно их нужно выставлять ручками. Прошивка если с пометкой NEW или типа с нового аппарата, то настройки с завода. Но сбросить настройки можно и не прошивая, существует такая возможность как пользовательская(сброс пользовательских настроек), так и сервисная(сброс настроек на заводские). Сброс возможен при условии что у Вас аппарат исправен по "железу".