В своих делах я использую следующие средства:
ПК: ноутбук FSC u9200+расширитель портов, что дает мне полноценные LPTx1+RS232Cx2+USBx6
ПО: Уже давно использую дистрибутив Slackware (со времен 9 версии). Сейчас уже обновился до 13.1
Полет нормальный, все работает "из коробки".

Для рисования схем ипользую gEDA. Очень неплохая на мой взгляд CAD-система написаная корейцами.
Открытая бесплатная, конечно не протеус, но для моих задач вполне подходит.
Основной плюс в том, что для хранения схем используется простейший текстовый формат, который можно легко править при помощи простейших скриптов на sed и awk.
Для рисования печаток используется pcb (приложение отдельное, но входит в состав пакета).
в gEDA использует настоящий юникс-way, для каждого действия отдельная утилита. Кому-то может показатсья неудобным, зато для понимания как все работает и устроено весьма позновательно.
Есть весьма подробный хелпер в сети.

В качестве программаторов используется PonyProg (в представлении не нуждается) и avrdude.
Первый выглядит так же как в винде, второй полностью консольный.
Основная приятная ососбенность avrdude - это возможность гибкой конфигурации. Поддерживает как стандартные программаторы, так и совершенно неизвестыные.
Главное чтобы программатор втыкался в LPT или rs232c (или через usb->rs232 переходник). Дальше в конфиге ему прописываем как контроллер подключен к порту и все.

Железяки в основном самодельные (освоил фоторезистивную технологию), единственно купленный это avrdragon (нужен был ради JTAG и параллельного программатора, почти полностью поддерживается в avrdude).

В основном я практикую программирования avr-ок. Для разработки использую AVR-GCC. Написал один раз Makefile и теперь проект собирается сразу из редактора (на работе подсадили на vim).
Для доступа к контроллеру через UART использую minicom (мощный эмулятор терминала).

Вроде все.

продолжу:
В некоторых случаях когда нужна винда (чтобы что-то глянуть). Стоит VirtualBox, в ней установлена win xp sp2.
Последний раз нужна была чтобы из avr studio обновить avrdragon, и нужна была этак около года назад.
Еще конечно есть wine, но кроме попыток запустить в нем NFS III, больше ни для каких нужд не пригодился.